Bajo la dependencia directa y jerárquica de la Directora del Organismo, está la Secretaria General de Emakunde. Es nombrada por Decreto con rango, a todos los efectos, de Directora y le corresponden las siguientes funciones:
- Representar, por delegación de la Dirección, al Organismo en las relaciones con los departamentos del Gobierno Vasco, otras administraciones, instituciones y entidades públicas y privadas.
- Impulsar, coordinar y supervisar los servicios del Organismo relativos a la gestión económico-financiera, gestión patrimonial y presupuestaria, planificación estudios y documentación, asesoría jurídica e información, programación y cooperación con otras instituciones.
- Impulsar, coordinar y supervisar los procedimientos de gestión y apoyo informático, así como la adecuación de la infraestructura y dotación de los medios materiales del Organismo.
- Elaborar los procedimientos internos referentes a la tramitación y registro de las disposiciones, actos, contratos o expedientes de carácter económico y financiero, así como ejercitar la competencia en materia de autorización del gasto, en tanto no esté reservada legalmente a otro órgano.
- Administrar y gestionar el personal del Organismo y preparar planes y programas de formación y perfeccionamiento del personal.
- Presidir la Comisión Asesora de Publicidad no Sexista-Begira y asumir su gestión administrativa.
- Asumir las funciones de la Secretaría y la gestión administrativa del Consejo de Dirección, de la Comisión Interinstitucional para la Igualdad de Mujeres y Hombres, de la Comisión Interdepartamental para la Igualdad de Mujeres y Hombres y de la Comisión de Seguimiento del Acuerdo interinstitucional para la mejora en la atención a mujeres víctimas de maltrato doméstico y agresiones sexuales.
- Emitir informes, en particular, los referidos a los planes de igualdad de otras instituciones, a los Informes de Impacto en Función del Género y los relativos a los procedimientos para la declaración de utilidad pública de entidades sin ánimo de lucro que trabajen en el ámbito de la promoción de la igualdad de mujeres y hombres.
- Tramitar expedientes sancionadores por infracciones en materia de igualdad de mujeres y hombres.
- Prestar asistencia técnica y administrativa a la Dirección del Instituto en los asuntos que ésta estime conveniente, así como ejercer las funciones que expresamente le delegue y aquellas otras que le atribuya el ordenamiento jurídico.
- Garantizar el soporte necesario para desarrollar y ejecutar las iniciativas y directrices dictadas por los órganos competentes en materia de reforma y modernización de la Administración.
- Asegurar el óptimo funcionamiento de los servicios de información y atención a la ciudadanía del organismo.
